HPDX2300
Member
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
у нас нынче ВСЕ дистрибутивы advanced, скачиваем потихоньку.
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
-
Любые журналы Актион-МЦФЭР регулярно !!! Пишите https://www.nado.ws/conversations/add?to=pantera или на электронный адрес pantera@nado.ws
Schrodinger Suites
у нас нынче ВСЕ дистрибутивы advanced, скачиваем потихоньку.
HPDX2300
Member
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
All workflows that rely on Desmond are not supported on Windows or Mac platforms, they can only be run on Linux.
This includes Molecular Dynamics, IFD-MD, FEP+, WaterMap, and a number of Materials Science workflows.
GPU machine learning applications such as Active Learning Glide and DeepAutoQSAR on GPU can only be run on Linux.[/q]
HPDX2300
Member
quote from 2025-4_docs/install_guide/documentation_instructions.htm
How to setup local documentation for Maestro:
unzip suite2025-4_docs.zip and move the contents into the "docs" folder in the Schrodinger software installation.
Make sure that you do not overwrite the current content of the "docs" folder when moving the content.
To set Maestro to use local documentation, you must start Maestro with the SCHRODINGER_SHOW_LOCAL_DOCS environment variable.
Edit file ~/.bash_profile , add this at the end of file:
export SCHRODINGER_SHOW_LOCAL_DOCS=1
Maestro always tries to use online documentation first if it is available.
Local documentation can then be accessed through the Maestro Help menu and the panel help buttons.
How to setup local documentation for Maestro:
unzip suite2025-4_docs.zip and move the contents into the "docs" folder in the Schrodinger software installation.
Make sure that you do not overwrite the current content of the "docs" folder when moving the content.
To set Maestro to use local documentation, you must start Maestro with the SCHRODINGER_SHOW_LOCAL_DOCS environment variable.
Edit file ~/.bash_profile , add this at the end of file:
export SCHRODINGER_SHOW_LOCAL_DOCS=1
Maestro always tries to use online documentation first if it is available.
Local documentation can then be accessed through the Maestro Help menu and the panel help buttons.
HPDX2300
Member
Вопрос: Пытаюсь запустить 2025-4 на виндовс 10. Лекарства залил куда требуется. Не удается[/q]
Ответ:
В винде-10 нет никаких трудностей.
Сперва установить SS-2025-4, например в папку "C:\Program Files\Schrodinger2025-4"
(хотя, ИМХО, удобнее ставить в папку "C:\Schrodinger2025-4" - в ней файловые операции вставки, распаковки, замены не требуют прав Администратора, а внутри папки "C:\Program Files" все файловые операции требуют прав Администратора)
Потом скопировать таблетку 25-4_extract_to_install_dir.win.zip в каталог установки "C:\Program Files\Schrodinger2025-4"
в Проводнике перейти в папку "C:\Program Files\Schrodinger2025-4" и сделать щелчек правой кнопкой мышки над таблеткой 25-4_extract_to_install_dir.win.zip и в контекстном меню выбрать "Извлечь всё..."
Проводник спрашивает вас "файлы будут извлекаться в папку":
"C:\Program Files\Schrodinger2025-4\25-4_extract_to_install_dir.win"
надо поправить папку извлечения:
"C:\Program Files\Schrodinger2025-4"
жмем "Извлечь"
Проводник опять спрашивает:
"Для копирования в эту папку нужно обладать правами администратора"
жмем кнопку "Продолжить"
Ответ:
В винде-10 нет никаких трудностей.
Сперва установить SS-2025-4, например в папку "C:\Program Files\Schrodinger2025-4"
(хотя, ИМХО, удобнее ставить в папку "C:\Schrodinger2025-4" - в ней файловые операции вставки, распаковки, замены не требуют прав Администратора, а внутри папки "C:\Program Files" все файловые операции требуют прав Администратора)
Потом скопировать таблетку 25-4_extract_to_install_dir.win.zip в каталог установки "C:\Program Files\Schrodinger2025-4"
в Проводнике перейти в папку "C:\Program Files\Schrodinger2025-4" и сделать щелчек правой кнопкой мышки над таблеткой 25-4_extract_to_install_dir.win.zip и в контекстном меню выбрать "Извлечь всё..."
Проводник спрашивает вас "файлы будут извлекаться в папку":
"C:\Program Files\Schrodinger2025-4\25-4_extract_to_install_dir.win"
надо поправить папку извлечения:
"C:\Program Files\Schrodinger2025-4"
жмем "Извлечь"
Проводник опять спрашивает:
"Для копирования в эту папку нужно обладать правами администратора"
жмем кнопку "Продолжить"
HPDX2300
Member
Крайнюю версию PyMOL (3.1.6.1 - Updated June 9th 2025) Schrodinger защитила своим менеджером лицензий (SLM), поэтому никто её не смог вылечить до сегодняшнего дня.
Теперь я буду это "лечить".
Дистрибутивы для линукса, макоси и винды в папке
(всё уже вылеченное).
************
PyMOL-3.1.6.1-Win64-portable.zip распаковать в любую папку (да хоть на флешку), например C:\PyMOL.
Запускать С:\PyMOL\PyMOLWin.exe , сделайте для него ярлык - ПКМ (щелчок правой кн.мышки) и выбрать команду "Отправить -> Рабочий стол (создать ярлык)".
При первом запуске спросит про лицензию - жмите "Browse for License File" и указать файл
C:\PyMOL\pymol.lic
TotalCommander при нажатии Ctrl+Q на папке C:\PyMOL показал размер:
Total space occupied:
1'257'946'423 bytes in 13355 file(s), in 1295 directories (=1'228'463k=1199M=1G)
Actual space used (considering cluster size) on source drive: 1'289'576'448 Bytes
************
PyMOL-3.1.6.1-Linux64-portable.tar.gz распаковать в любую папку, например ~/PyMOL:
cd ~
mkdir .pymol
mkdir PyMOL
cd PyMOL
tar -xvf ~/Downloads/PyMOL-3.1.6.1-Linux64-portable.tar.gz
cp ~/PyMOL/pymol.lic ~/.pymol/license.lic
Запускать ~/PyMOL/pymol или ~/PyMOL/bin/pymol
При первом запуске если спросит про лицензию - жмите "Browse for License File" и указать файл
~/PyMOL/pymol.lic
************
PyMOL-3.1.6.1-MacOS.tar.gz при скачивании сохранен в папку ~/Downloads (если в макоси все названия по-русски, то папка "Загрузки" на диске всё равно называется Downloads, это можно увидеть в терминале).
Установка PyMOL в терминале:
cd ~
mkdir .pymol
cd /Applications
tar -xvf ~/Downloads/PyMOL-3.1.6.1-MacOS.tar.gz
cp /Applications/PyMOL.app/Contents/pymol.lic ~/.pymol/license.lic
ярлык для запуска появится автоматически
************
Если открыть для просмотра suite2026-1_docs и справа вверху в "Search the documentation..." ввести строку "pymol", то найдется много интересного.
Например,
suite2026-1_docs/pymol/pymol_home.htm
там увидите
"Export to PyMOL Panel"
"Installing PyMOL in Maestro"
suite2026-1_docs/pymol/pymol_install/linux_install_pymol.htm
Setting Up Access to PyMOL on Linux
Both Maestro and Canvas can open PyMOL directly. To do so, PyMOL must be installed and the location communicated to the application.
Canvas requires the PyMOL location to be in the PATH environment variable.
Maestro uses the following sources to find an installation of PyMOL, in the order given:
1. The PYMOL4MAESTRO environment variable, if it points to an executable file.
2. A script named pymol4maestro or pymol, in any of the following directories: $PYMOL4MAESTRO, $SCHRODINGER, $SCHRODINGER/pymol, $PYMOL_PATH
3. A script named pymol4maestro or pymol, in $SCHRODINGER/../pymol
4. pymol in $PATH
Теперь я буду это "лечить".
Дистрибутивы для линукса, макоси и винды в папке
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
************
PyMOL-3.1.6.1-Win64-portable.zip распаковать в любую папку (да хоть на флешку), например C:\PyMOL.
Запускать С:\PyMOL\PyMOLWin.exe , сделайте для него ярлык - ПКМ (щелчок правой кн.мышки) и выбрать команду "Отправить -> Рабочий стол (создать ярлык)".
При первом запуске спросит про лицензию - жмите "Browse for License File" и указать файл
C:\PyMOL\pymol.lic
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
TotalCommander при нажатии Ctrl+Q на папке C:\PyMOL показал размер:
Total space occupied:
1'257'946'423 bytes in 13355 file(s), in 1295 directories (=1'228'463k=1199M=1G)
Actual space used (considering cluster size) on source drive: 1'289'576'448 Bytes
************
PyMOL-3.1.6.1-Linux64-portable.tar.gz распаковать в любую папку, например ~/PyMOL:
cd ~
mkdir .pymol
mkdir PyMOL
cd PyMOL
tar -xvf ~/Downloads/PyMOL-3.1.6.1-Linux64-portable.tar.gz
cp ~/PyMOL/pymol.lic ~/.pymol/license.lic
Запускать ~/PyMOL/pymol или ~/PyMOL/bin/pymol
При первом запуске если спросит про лицензию - жмите "Browse for License File" и указать файл
~/PyMOL/pymol.lic
************
PyMOL-3.1.6.1-MacOS.tar.gz при скачивании сохранен в папку ~/Downloads (если в макоси все названия по-русски, то папка "Загрузки" на диске всё равно называется Downloads, это можно увидеть в терминале).
Установка PyMOL в терминале:
cd ~
mkdir .pymol
cd /Applications
tar -xvf ~/Downloads/PyMOL-3.1.6.1-MacOS.tar.gz
cp /Applications/PyMOL.app/Contents/pymol.lic ~/.pymol/license.lic
ярлык для запуска появится автоматически
************
Если открыть для просмотра suite2026-1_docs и справа вверху в "Search the documentation..." ввести строку "pymol", то найдется много интересного.
Например,
suite2026-1_docs/pymol/pymol_home.htm
там увидите
"Export to PyMOL Panel"
"Installing PyMOL in Maestro"
suite2026-1_docs/pymol/pymol_install/linux_install_pymol.htm
Setting Up Access to PyMOL on Linux
Both Maestro and Canvas can open PyMOL directly. To do so, PyMOL must be installed and the location communicated to the application.
Canvas requires the PyMOL location to be in the PATH environment variable.
Maestro uses the following sources to find an installation of PyMOL, in the order given:
1. The PYMOL4MAESTRO environment variable, if it points to an executable file.
2. A script named pymol4maestro or pymol, in any of the following directories: $PYMOL4MAESTRO, $SCHRODINGER, $SCHRODINGER/pymol, $PYMOL_PATH
3. A script named pymol4maestro or pymol, in $SCHRODINGER/../pymol
4. pymol in $PATH
HPDX2300
Member
инъекция лекарства для SchrodingerSuites-2026-1-Linux
далее предполагаю, что SchrodingerSuites-2026-1 вы установили в папку /opt/schrodinger2026-1
и таблетка 26-1-linux_extract_to_install_dir.tar.gz при скачивании сохранена в папку ~/Downloads.
выполнить в "Терминале":
cd /opt/schrodinger2026-1
sudo tar -xvf /home/$(whoami)/Downloads/26-1-linux_extract_to_install_dir.tar.gz
(
или одной командой:
sudo tar --cd /opt/schrodinger2026-1 -xvf /home/$(whoami)/Downloads/26-1-linux_extract_to_install_dir.tar.gz
)
***************
инъекция лекарства для SchrodingerSuites-2026-1-MacOSX
внутри таблетки для MacOSX есть текстовый файл с инструкцией, вот её текст:
далее предполагаю, что SchrodingerSuites-2026-1-MacOSX установлен в папку /opt/schrodinger/suites2026-1
и таблетка 26-1-macos_extract_to_install_dir.tar.gz при скачивании сохранена в папку ~/Downloads.
скопировать в буфер обмена начиная со строки "sudo ..." и до конца
запустить "Терминал", в окне терминала щелчок правой кн.мышки -> команда "Вставить", нажать клавишу Ввод, спросит пароль вашей учетки
sudo -i <<EOF
cd /opt/schrodinger/suites2026-1
tar -xvf /Users/$(whoami)/Downloads/26-1-macos_extract_to_install_dir.tar.gz
cd /opt/schrodinger/suites2026-1/internal/lib
codesign -f -s - --timestamp=none --all-architectures --deep ./libmmfileshared.dylib
EOF
***************
инъекция лекарства для SchrodingerSuites-2026-1-Windows
Установка таблетки для винды описана выше, и также можно прочитать текстовый файл внутри таблетки - web-сервер умеет отдавать файл, лежащий внутри zip-архива.
P.S.
таблетки для винды, линукса и макоси (Tahoe 26.2) проверены в работе и опубликованы - лежат рядом с дистрибутивом.
Внимание! Не наступайте на грабли - в линуксе и макоси таблетку НЕ НАДО распаковывать, моя команда установки работает с архивом.
далее предполагаю, что SchrodingerSuites-2026-1 вы установили в папку /opt/schrodinger2026-1
и таблетка 26-1-linux_extract_to_install_dir.tar.gz при скачивании сохранена в папку ~/Downloads.
выполнить в "Терминале":
cd /opt/schrodinger2026-1
sudo tar -xvf /home/$(whoami)/Downloads/26-1-linux_extract_to_install_dir.tar.gz
(
или одной командой:
sudo tar --cd /opt/schrodinger2026-1 -xvf /home/$(whoami)/Downloads/26-1-linux_extract_to_install_dir.tar.gz
)
***************
инъекция лекарства для SchrodingerSuites-2026-1-MacOSX
внутри таблетки для MacOSX есть текстовый файл с инструкцией, вот её текст:
далее предполагаю, что SchrodingerSuites-2026-1-MacOSX установлен в папку /opt/schrodinger/suites2026-1
и таблетка 26-1-macos_extract_to_install_dir.tar.gz при скачивании сохранена в папку ~/Downloads.
скопировать в буфер обмена начиная со строки "sudo ..." и до конца
запустить "Терминал", в окне терминала щелчок правой кн.мышки -> команда "Вставить", нажать клавишу Ввод, спросит пароль вашей учетки
sudo -i <<EOF
cd /opt/schrodinger/suites2026-1
tar -xvf /Users/$(whoami)/Downloads/26-1-macos_extract_to_install_dir.tar.gz
cd /opt/schrodinger/suites2026-1/internal/lib
codesign -f -s - --timestamp=none --all-architectures --deep ./libmmfileshared.dylib
EOF
***************
инъекция лекарства для SchrodingerSuites-2026-1-Windows
Установка таблетки для винды описана выше, и также можно прочитать текстовый файл внутри таблетки - web-сервер умеет отдавать файл, лежащий внутри zip-архива.
P.S.
таблетки для винды, линукса и макоси (Tahoe 26.2) проверены в работе и опубликованы - лежат рядом с дистрибутивом.
Внимание! Не наступайте на грабли - в линуксе и макоси таблетку НЕ НАДО распаковывать, моя команда установки работает с архивом.
HPDX2300
Member
Методические материалы платного курса
В
методички (*.pdf) и видео-файлы формата mp4 (*.mp4)
Видео-файлы *.ts "обработаны напильником после сборки", использовал программу ffmpeg (version 2.8.15), для контроля качества использовал медиаплеер VLC (version 2.2.8). Речь диктора теперь звучит без запинок, дикция отличная.
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
В
У вас нет разрешения на просмотр ссылки, пожалуйста Вход или Регистрация
Видео-файлы *.ts "обработаны напильником после сборки", использовал программу ffmpeg (version 2.8.15), для контроля качества использовал медиаплеер VLC (version 2.2.8). Речь диктора теперь звучит без запинок, дикция отличная.